《宝可梦：朱/紫》近期出现了一个恶性BUG：许多玩家反映，在连接到《PokemonGo》应用程序或下载DLC后游戏的本地存档全部丢失/损坏。　　最糟糕的是，造成存档丢失/损坏的原因有不少，有些人在与《PokemonGo》同步数据后丢失了游戏进度(原始存档文件损坏，无法识别);有些人因为下载DLC内容导致存档被系统自动删除;还有玩家因为购买了DLC而失去了自己成箱的闪光精灵。　　据报道，一名任天堂的支持代理人告诉玩家，出版商正在调查这个BUG问题，玩家们请先不要进行与《PokemonGo》同步数据以防数据损坏。也有玩家给出了解决方式，玩家可以先将精灵从《宝可梦：朱/紫》转移到《PokemonHome》中。